万次郎は少年期に学問の機会が無く米国に渡ったため、通訳としては有能であったが、文章化された英語を日本語に訳することが不得手であったとされる。そのため西洋の体系的知識を日本に移入する必要のある明治政府には最重要案件を任せられることは無かったという。
万次郎は、英語を憶えた際に耳で聞こえた発音をそのまま発音しており、現在の英語の発音辞書で教えているものとは大きく異なっている。ジョン万次郎が後に記述した英語辞典の発音法の一例を挙げると
わら＝Water
こーる＝cool
さんれぃ＝Sunday
にゅうよぅ＝New York
実際に現在の英米人にジョン万次郎の発音通りに話すと十分意味が通じる（多少早口の英語に聞こえるが、正しい発音に近似している）という実験結果があるそう。